別府市は、防災訓練を１１月２４日午前９時、市立別府中央小学校で行った。当初、令和７年度大分県・東部地区総合防災訓練を東部地域で行う予定だったが、佐賀関大規模火災の影響で中止となったものの、別府市での訓練は一部内容を変更して実施した。
突発的かつ大規模な災害が発生した場合に、自主防災会などの地域団体や避難者主体の避難所運営が行えるように、必要な知識や手続きなどを身に着けることが目的。２３日早朝から激しい雨が断続的に降り続き、２４日午前８時５０分に日向灘を震源とするマグニチュード９の地震が発生。別府市で震度５強を観測し、南海トラフ地震臨時情報が発表された、との想定が行われた。
大雨と震度５強の地震の複合地震を想定し、北地区１０自治区による避難行動訓練及び避難所運営訓練を行った。自主防災会の関係者が周辺や体育館の中で安全を確認してから総務、避難者、衛生など分野ごとに集まって、机を並べたりホワイトボードを準備して情報を貼りだしたりするなど、状況を確認しながら開設。
避難者が到着すると受付をし、ペットと一緒の人や車中泊を希望する人、車椅子ユーザー、旅行者などあらゆる想定をして案内。停電を想定して真っ暗な中で行った。次々と起こる想定に、連絡を取りながら進めた。