（写真は雨の影響で水量が増えた境川）
台風１４号の接近に伴い、別府市は１７日午後１時に災害対策連絡室を設置し、午後３時には災害警戒本部に、１８日午後２時に災害対策本部に移行し、災害対応に当たっている。
１７日午後３時に、南部地区公民館、サザンクロス、中部地区公民館、あすなろ館、べっぷアリーナ、公会堂、野口ふれあい交流センター、西部地区公民館、朝日小学校の９カ所に避難所を設置。一番多い時で、１９日の午前２時から５時の間に、１２９世帯・２０５人が避難していた。
１８日には、土砂災害警戒情報が発令されたことを受けて、６万１９１９世帯・１１万３５０６人に対して、警戒レベル４の「避難指示」を出していた。１９日午後３時５０分に土砂災害警戒情報が解除されたことで、避難指示を解除するとともに、避難所も閉鎖した。
市内では、風に煽られて転倒して３人が重軽のケガをした。天間や堀田で土砂流入で一時通行止めとなっていたが、現在は解除されている。南立石の県道別府一の宮線は、冠水により片側通行。
台風の影響により、城島高原パークやべっぷ地獄めぐり、別府ロープウェイなど観光施設は休業、商業施設は一部営業時間を変更するなどした。交通の便も欠航や運休が相次いで、多くの人に影響が出た。
市ＰＣＲ検査センターや、新型コロナワクチンコールセンターの休止、祝日のごみ収集の中止などもあった。２０日は、堀田温泉と別府海浜砂湯が休業する。