長野恭紘別府市長は、旧山の手中学校に設置している、ＰＣＲ検査センター（抗原検査センター併設）について、１２月３１日まで延長していたが、年末年始において、県を越境する人が活発になることから、感染者の早期発見による感染拡大の防止と市民の安全を確保するため、来年１月１６日まで延長すると発表した。１２月３１日、１月２日は午後３時までで、元日は休日とする。
１１月１８日現在のセンターの利用者は、ＰＣＲ検査が１万６４８７件、抗原検査が７９４６件で、合わせて２万４４３３件でうち１２１件の陽性を確認した。長野市長は「無症状の感染者を早期に発見できたことは、市内での感染拡大を防止する当センターの機能を発揮している」と評価した。
令和３年第４回別府市議会定例会には、予算議案５件、条例関係８件、その他１２件の２５件を上程する。予算では、一般会計補正１５億５００万円で、補正後の予算額は５７７億３２７０万円となる。特別会計は３４億４７４０万円の増額で、補正後の予算額は５８９億１４４７万３千円。
新型コロナウイルスワクチンの３回目接種に向けて、接種体制確保事業費とワクチン接種事業費を合わせて２億５１０５万８千円を計上。２回目接種後概ね８カ月以上経過した人を対象としており、１２月から医療従事者や施設入所者、高齢者の順で行うことを想定している。
また、大分空港がアジアで初めて水平式の小型人口衛星の打上拠点として「宇宙港」に選定されたことから、宇宙関連ビジネス創出の可能性を調査するため、３７６万３千円を計上。長野市長は「宇宙港とどう関わって、どういう事業があるかまだ想像はつかない。別府の産業と置き換えた時、どういう可能性があるのか、ツーリズムバレーと並行する形で産業の集積や発展を把握していきたい。可能性は無限にあると思う。まずは現状把握をして、じっくり時間をかけて宇宙と自分たちの仕事がどう関わるか、理解することの第一歩」と話した。
新型コロナウイルスワクチン接種
別府市は、新型コロナウイルスワクチンの３回目の接種について、一番早い人で３０日にも接種券を発送すると発表した。
対象となるのは、２回目の接種を終了した人のうち、１８歳以上の人で、接種回数は１回。２回目接種を終えてから原則８カ月以上経過している人で、個別接種と集団接種（別府アリーナ）での接種を予定している。個別接種会場は現在調整中。
今回から、６５歳以上の人に対しては、あらかじめ別府市が設定した接種会場と接種日時を案内する。２回目の接種を行った医療機関を基本として行うが、医療機関が３回目の接種を行わない場合は、集団接種会場を案内。指定日時で良い場合は、同封されたハガキを返信することで予約は完了となる。別の会場や日時を変更したい場合は、ハガキは送らずにコールセンター（電話０１２０・７９７・５６７）やインターネットなどで予約をし直す必要がある。
６４歳未満の人については、これまで同様にコールセンターかインターネットでの予約を。
まずは、医療従事者や高齢者から接種をはじめ、４月に受けた人は１２月発送で接種は来年１月から、５月の人は来年１月発送で接種は同２月から、６月に接種した人は２月発送で、接種は３月からと順次接種券を発送し、接種を進める。
１１月２１日時点での接種率は、１回目の接種を終えた人は７７・４％、２回目を終えた人は７６％となっている。