別府市は、9日午後2時、災害対策連絡室から災害警戒本部に移行していたが、10日午前11時、再び災害対策連絡室に戻し、引き続き台風6号の影響による災害警戒に当たっている。
同日午前10時50分頃、県道別府挾間線の別府市側から鳥越峠のループ橋を越えた先で落石が発生し、通りかかった普通乗用車と衝突する事故があった。県別府土木事務所によると、2㍍×1・5㍍の大きな岩が山側から落ちてきて、普通乗用車と衝突をしたという。ケガ人はいない。その後、岩の撤去作業を行った。
また、別府市は午後5時、あすなろ館、南部地区公民館、市立東山幼小中学校を避難所として開設した。同時に、土砂災害の危険が高まったとして、山間部を中心に2113世帯、3692人に対して、高齢者等避難を発令した。9日午後10時半頃の時点では、南部地区公民館に3世帯3人、あすなろ館に1世帯2人が避難していたが、10日朝には全員帰宅した。10日午前11時には、高齢者等避難も解除され、避難所もすべて閉鎖した。