補正予算は、一般会計が12億5800万円の減額補正。補正後の予算額は708億6339万円。国の補正予算に伴う、新型コロナウイルス感染症対策費並びに、道路及び街路事業費、湯のまち別府ふるさと応援寄附金の増加に伴う関係予算を計上する。また、決算見込みによる歳入歳出の係数整理をなどを行う。
「湯のまち別府ふるさと応援寄附金」が6056万円の増額になったことを受けて、手数料やふるさと納税災害支援寄付金などの必要経費2765万7千円を計上。寄付金の増額分は基金に積み立てる。
また、子育て短期支援事業(ショートステイ等)3カ所や延長保育事業を実施する児童福祉施設22カ所に対し、新型コロナウイルス感染症対策に必要な保健衛生用品等購入の補助金(国庫補助率100%)。幼稚園、小・中学校への感染症対策に必要な経費、幼稚園におけるICT環境の整備を行う。
さらに、新型コロナワクチンの接種に要する経費として、接種体制確保事業費1億1800万円を計上。地方負担が生じることがないよう、国がワクチン接種にかかる費用の全額を負担する方針を示したため、補助金上限目安額を増額した。